第二次世界大戦下、ヨーロッパの小国リトアニアに赴任していた外交官・杉原千畝は、ナチスの迫害によりポーランドから逃れる大勢のユダヤ避難民たちに、ビザ発給を懇願される。
迫害と死から逃れるには、日本を経由し、第三国に逃れるしか道は残されていなかった。
白夜の中、杉原は、良心の声に従い、本国の訓令に背き、ユダヤ避難民たちにビザを発給することを決断する。リトアニアを発つ駅でも、杉原は力の限りビザを書き続ける。やがて発車の汽笛が鳴り、杉原を乗せた列車は動き出す。